Quand elle était enfant, la princesse Zelda s'intéressa énormément à la technologie sheikah et était très proche de sa mère. Peu après la mort de cette dernière, un devin vint au château pour annoncer une terrible prophétie: Ganon, un fléau qui s'est abattu sur Hyrule il y'a 10 000 ans, va bientôt se libérer de son sceau. Face à cela, le Roi décide de réutiliser la même stratégie que leurs ancêtres en réactivant les Gardiens ainsi que les quatre Créatures Divines. Il incombe alors Zelda de s'entraîner pour éveiller le pouvoir du sceau, nécessaire pour battre le fléau, en allant prier aux trois sources d'Hyrule. Il l'envoie également à la rencontre des meilleurs guerriers des quatre peuples du royaume pour en faire les prodiges qui piloteront les créatures divines. Cependant Zelda peine à réveiller son pouvoir, au point qu'elle fait l'objet de rumeurs par les membres de la cour, ce qui déplu à Rhoam qui devient plus dur envers sa fille. Cela développa en Zelda un complexe d'infériorité  : elle ne se sent pas à la hauteur de la mission qui lui a été donnée. Pour palier à cela, elle se réfugie dans l'étude des Gardiens et des Créatures Divines, et vient parfois rendre visite à Urbosa, la cheffe des Gerudos, qui était très proche de sa mère.
À un moment, Rhoam attribue au jeune Link, le rôle de chevalier servent pour Zelda, afin de la protéger, ce qui n'enchante pas cette dernière. Elle était au début froide et sèche envers lui, ne supportant pas sa présence. La réussite de Link à avoir été reconnu par la Lame Purificatrice renforce encore plus son sentiment d'infériorité et son comportement agressif. Elle pensait également que le mutisme du jeune chevalier était une marque de mépris à son égard. Cependant, leur relation s'améliore à partir du moment où Link la sauve des griffes du Gang des Yigas. À partir de ce moment là, le comportement de Zelda change radicalement : elle est plus amicale envers Link et commence à s'attacher à lui. Elle lui révèle aussi beaucoup de choses sur sa personne, notamment son angoisse de ne pas être à la hauteur des attentes de son père, le Roi Rhoam, et découvre également que son chevalier servant aussi ne se sent pas à la hauteur de sa tâche et qu'il s'est enfermé dans le mutisme pour le cacher.

Lors de son anniversaire, Zelda se rendit à la Source de la Sagesse, dans la montagne de Lanelle pour tenter d'éveiller à nouveau son pouvoir, mais c'est un nouvel échec. Face à cela, Urbosa émet l'hypothèse qu'il existe un autre moyen que la prière pour éveiller le pouvoir du sceau. À ce moment là, le sol se met à trembler, Revali part vérifier et découvre que le château est enveloppé d'une aura noire: Ganon s'est réveillé. Les prodiges se précipitent alors dans leurs Créatures Divines pour combattre le Fléau, malheureusement ce dernier s'était préparé. Il utilisa alors ses pouvoirs pour corrompre les Gardiens et créent les Ombres de Ganon qui tuent les prodiges et prennent le contrôle des machines. Face à cette catastrophe, Link emmena Zelda loin des champs de bataille pour la mettre à l'abri. Mais à un  moment la princesse craque et s'effondre en larmes: Elle se reproche que tout ce qu'elle a fait pour éveiller son pouvoir n'a servi à rien et que tout le monde est mort par sa faute.


Par la suite, après avoir regagné des forces, Link et Zelda ont décidé d'aller au château afin de vaincre Ganon. Cependant ils sont attaqués par des Gardiens corrompus près de la muraille d'Elimith. Link protège Zelda jusqu'à la limite de ses forces en abattant plusieurs Gardiens mais ils reviennent toujours. Zelda le supplie d'arrêter et lui dit de s'enfuir, de ne pas sacrifier sa vie pour elle.Voyant que Link est à bout de force et risque d'être abattu par un Gardien, Zelda s'interpose pour le protéger et une lumière jaillit de sa main et neutralise la totalité des gardiens. Zelda comprend alors que le pouvoir du sceau a fini par s'éveiller, cependant Link s'écroule, épuisé par le combat. Suppliant le jeune chevalier de ne pas mourrir, Zelda voit alors l'épée de Légende s'illuminer et lui parler.

Comprenant ce qu'elle doit faire elle ordonne à deux sheikahs, qui les ont rejoints, d'emmener Link au Sanctuaire de la Renaissance, situé au Plateau du Prélude, afin de le soigner. Pendant ce temps, elle retourne à la Forêt Korogu pour placer l'épée sur son piédestal et la restaurer, lui promettant que Link reviendra la chercher. Par la suite, l'Arbre Mojo demande à Zelda ce qu'elle compte faire, ce a quoi elle répond qu'elle doit accomplir sa dernière tâche. Elle demande alors au vieil arbre de transmettre un message à Link, mais ce dernier lui répond que si c'est un message important il vaudrait mieux qu'elle le lui adresse en personne.

Elle se rend ensuite au Château d'Hyrule et fait face au Fléau. Elle utilise alors son pouvoir du sceau pour l'enfermer dans le Château en attendant le réveil de Link. Durant ces cent dernières années, Zelda maintient le Fléau prisonnier dans le château d'Hyrule, mais plus le temps passe plus son pouvoir s'affaiblit. Elle sent alors que Link s'est réveillé de son long sommeil et le guide alors hors du Sanctuaire de la Renaissance, lui demandant de sauver Hyrule.Après avoir libéré les Créatures Divines, retrouvé l'Épée de Légende et ses souvenirs, Link se rend au Château pour affronter le Fléau. Zelda avertit le jeune chevalier qu'elle ne peut plus le maintenir prisonnier et Ganon finit par se libérer. Quand ce dernier se transforme en Créature Maléfique, Zelda offre à Link des Flèches de Lumière afin d'affaiblir Ganon. Ceci fait, elle revient et utilise le pouvoir qu'il lui reste pour anéantir une bonne fois pour toute le Fléau. Par la suite, elle vient à la rencontre de Link pour lui adresser son message: "Est-ce que tu te souviens de moi ?"

Par la suite, Zelda et Link prévoient de reconstruire le royaume et s'apprêtent à aller vers le domaine Zora afin de vérifier les réservoirs d'eau de Vah'Ruta, avant de partir la princesse se rend compte qu'il ne reste plus aucune trace du pouvoir du sceau en elle, puis regarde Link et lui dit en souriant qu'elle s'en contentera. Cependant, elle ignore qu'un mal bien plus grand que le Fléau ne va pas tarder à se réveiller...

Quelques temps après la chute de Ganon, le Fléau,

Zelda participe activement à reconstruire le royaume d'Hyrule, assistée par son chevalier servant Link. En parallèle, elle mène des recherches sur l'histoire du royaume, ainsi que sur les Soneaux, un peuple disparu qui aurait fondé Hyrule. Apprenant que des gens sont tombés malade en pénétrant dans le château d'Hyrule, laissé à l'abandon, Zelda, accompagnée de Link, part explorer les lieux afin de trouver la source de ce mal. Arrivés dans les souterrains, ils découvrent énormément de ruines liés au peuple soneau ainsi qu'une fresque corroborant la version connue de l'histoire de la Guerre du Sceau.

Bien qu'euphorique de cette découverte majeure, Zelda et Link s'enfoncent un peu plus dans les souterrains, où une étrange matière semblable à la Malice se dégage. Ils trouvent alors la source de ces "miasmes", un cadavre momifié retenue par une main lumineuse. En s'approchant de plus près, la main se détache et une étrange pierre jaune en forme de larme tombe aux pieds de la princesse. La momie se réveille alors et attaque Zelda, qui est immédiatement protégée par Link qui voit la Lame purificatrice se briser et son bras contaminé par les miasmes. La momie se relève et se moque des deux hyliens, qu'elle semble connaitre, sur leur impuissance, les appelant "l'ultime espoir de Rauru". Alors que Zelda demande à la momie comment elle peut connaitre leurs noms, cette dernière déchaîne ses pouvoirs et provoque l'effondrement des souterrains. Zelda tomba alors dans les abîmes et est alors téléportée par la pierre qu'elle vient de ramasser.

Zelda se réveille à la Plaine d'Hyrule, et fait la rencontre d'une Hylienne et d'un Soneau qui se présentent comme Rauru et Sonia, les souverains actuels d'Hyrule. Cette découverte fut un choc pour la princesse d'Hyrule qui comprend qu'elle a été envoyé à l'époque de la fondation d'Hyrule par la pierre occulte. Afin de l'aider, le roi présente Zelda à sa sœur Mineru pour trouver une solution, cette dernière leur répond que les pierres occulte ne sont que des amplificateurs de pouvoir, et que seule Zelda est en mesure de revenir dans son époque, mais tant qu'elle ne saura pas comment, elle restera coincée dans le passé. En attendant de trouver un moyen, Zelda est adoptée par Rauru et Sonia comme un parent éloigné, et suit un entraînement avec Sonia pour maitriser ses pouvoirs sur le temps. Au fil des jours, elle développe un attachement pour les deux souverains, au point qu'elle leur parle de sa vie, et notamment de son chevalier servant, Link.

Un soir, le Royaume d'Hyrule est attaqué par une horde de Moldarquors venant du Désert Gerudo, Rauru les repousse aisément grâce à son pouvoir de lumière, renforcée par ceux de Sonia et Zelda. Mais la princesse d'Hyrule trouve cette attaque étrange, les Moldarquors ne vivant pas, par nature, en groupe et pense qu'ils étaient controlés. Quelques temps après, Rauru accueille à la cour le roi du peuple Gerudo, Ganondorf, venu prêter allégeance à la couronne. Zelda ressent alors un profond malaise, semblant reconnaitre le Gerudo. Après le départ de ce dernier, elle en informe Rauru, qui lui répond qu'il avait déjà décelé la nature mauvaise de Ganondorf et ses ambitions démesurés, et comptait justement sur son allégeance pour pouvoir le surveiller de plus près.

Un soir, Zelda et Sonia déjouent une tentative d'assassinat de cette dernière par une marionette reprenant les traits de Zelda qui disparait dans un rire sinistre. Zelda n'a pas eu le temps de comprendre ce qu'il s'est passé que Ganondorf surgit et poignarde mortellement la reine dans le dos et s'empare de sa pierre occulte. Zelda assiste alors à la transformation du gerudo en roi-démon, cela ne fait alors plus aucun doute pour la princesse, la momie qui les a attaqués dans le présent, Link et elle, n'est d'autre que Ganondorf.

Par la suite, Ganondorf déclare la guerre à Hyrule et parvient à balayer ses forces et conquérir la quasi-totalité des régions. Face à cette crise, Rauru confient une pierre occulte aux différents chefs des autres peuples fidèles à la couronne qui deviennent les Sages, Zelda devenant ainsi le Sage du Temps. Alors qu'ils se préparaient pour l'ultime bataille, Zelda révèle à Rauru le destin tragique qui l'attend et le réveil de Ganondorf dans le futur. Rauru révèle à la princesse qu'il est prêt à prendre ce risque pour protéger son royaume, et qu'il faudra alors compter sur Link pour terrasser Ganondorf si il revient. Il pense également que si Zelda est arrivé dans son époque, ce n'est pas par hasard. Durant l'ultime bataille, tous les sages sont balayés par la force démoniaque de Ganondorf et dans un ultime acte désespéré, Rauru saute sur Ganondorf pour le sceller avec lui sous les yeux de Zelda. Ainsi la Guerre du Sceau prit fin et la paix revient en Hyrule.

Bien que la paix soit revenue, Zelda sait que Ganondorf reviendra dans le futur, et qu'au vu de ses pouvoirs, Link ne sera sans doute pas de taille à l'affronter, c'est alors que la Lame Purificatrice apparait sous ses yeux, entendant de nouveau la voix de l'épée elle comprit que Link était toujours en vie et, se souvenant des paroles de l'Arbre Mojo, sait à présent ce qu'elle doit faire. Elle transmet alors un message à Link, lui demandant de la retrouver, avant de retourner voir Mineru. Face au soneau, qui se remettait péniblement de ses blessures, Zelda fait part de son intention: Elle souhaite restaurer l'épée, mais également la renforcer avec l'aide d'un pouvoir sacré et la remettre à Link dans le futur. Lorsque Mineru lui demande comment elle compte s'y prendre, Zelda lui répond qu'elle va effectuer le rite draconique, une pratique interdite consistant à transformer la personne qui ingère une pierre occulte en un dragon aux pouvoirs surpuissants. Cependant Mineru la prévient qu'en faisant cela, elle perdrait son humanité à jamais, mais devant la détermination de la princesse, elle accepte de la laisser faire, et lui fait également la promesse de se battre aux côtés de Link, par l'esprit, le jour où Ganondorf reviendra.

Par la suite, Zelda se rendit auprès des quatre autres sages d'Hyrule pour leur révéler que le roi-démon reviendra dans le futur, et qu'elle souhaite que ces derniers confient leurs pouvoirs à leurs descendants. Déterminés à mettre fin une bonne fois pour toute à la menace du roi-démon, ils acceptent. Par la suite, après avoir accueilli l'esprit de Mineru dans la tablette Pru'Hu avant de la remettre à un robot soneau afin qu'il le remette à Link dans le futur.

Zelda retourne au Temple du Temps et effectue le rite draconique, alors qu'elle s'apprête à perdre conscience, elle agrippe l'épée de légende et adresse ses dernières paroles à Link: "Protège mon peuple !", par la suite elle pensait qu'elle se transformait en un dragon. Elle se retrouve dans un lieu inconnu, sûrement du à sa transformation. Cette pensée la quitte lors qu'un homme inconnu lui annonce que désormais, elle peut faire partie d'une certaine organisation appelé TVA et en lui expliquant ce qu'elle faisait. Zelda ne veut rien entendre sur cette organisation, ce qu'elle veut : c'est protéger son peuple !

En un claquement de doigts de l'inconnu, elle a pu apercevoir sa vie de dragon, les exploits de Link, l'appariation des esprits de Rauru et de Sonia qui viennent pour lui rendre sa forme originelle et également les adieux pour à l'esprit de Mineru. Le plus important, c'est que son pays était enfin en paix. Soulagée par la vue de cette fin heureuse. Si elle est ici, c'est que la déesse Hylia l'a envoyé afin de préserver la paix sur le multivers, c'est sa nouvelle destinée.

Lorsque que l'incident du multivers se produit en détruisant les autres univers pour laisser qu'un seul. Sa vue se brouille instantanément, avant que les larmes coulent sur le visage de la princesse : mon pays, mes sujets, mes amis...morts... Elle ne peut pas croire que c'était possible qu'ils soient tous morts avant qu'on évoque qu'il était possible qu'ils se retrouvent à Baime, la terre 1218, là où tout le multivers se retrouve. Il y a encore des chances de recroiser des visages familiers.  

Elle décide de découvrir ce qu'il s'est passé mais également retrouver sa terre d'origine pour son peuple et son pays, Hyrule.